در گزارش عملکرد پژوهش و فناوری منتشر شده از سوی وزارت علوم،تحقیقات و فناوری:

پژوهشکده علوم پایه کاربردی جهاددانشگاهی بیشترین سهم مقاله های نمایه شده و کنفرانسی ملی و بین المللی را به خود اختصاص داد.

پژوهشکده علوم پایه کاربردی جهاددانشگاهی بیشترین شمار مقاله‌های نمایه‌ شده و کنفرانسی ملی و بین المللی را در بین موسسه‌های پژوهشی وابسته به نهادهای عمومی (گزارش سال 1387) را داشته است.

به گزارش روابط عمومی پژوهشکده علوم پایه کاربردی، این پژوهشکده با ارائه 12 مقاله نمایه شده و 32 مقاله کنفرانسی ملی و بین المللی در طول سال 1387 توانسته است بیشترین سهم را به خود اختصاص دهد.

بنابراین گزارش، پژوهشکده علوم پایه کاربردی در سال 1386 نیز در زمینه ارائه مقاله‌های نمایه شده و کنفرانسی ملی و بین المللی رتبه اول را به دست آورده بود.